在享保元年，德川吉宗统治江户的时代，城镇中频繁发生异形怪物袭击民众的事件，人心惶惶。为维持治安，德川幕府设立了暗中消灭怪物的组织——「御庭番」。
季节流转至享保十一年，一名拥有特殊能力的少女生活在远离江户的偏僻村庄。若她看见黑色丝线，那里便会发生祸乱。村民们害怕这种力量，将她驱赶至常年积雪的深山。
这时，自称御庭番成员的青年前来拜访这名少女，开启了一段邂逅非人之物、知晓爱为何物的旅程。
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